对于“一个案件有多个违法行为人的是否分别立案”的问题，其核心在于理解案件的立案原则以及多个违法行为人在案件中的角色与责任。以下是详细解答：
通常原则：
在司法实践中，一个案件涉及多个违法行为人时，并不会简单地对每个违法行为人分别立案。案件的立案是基于案件的整体事实、法律关系以及诉讼标的来确定的，而不是基于违法行为人的数量。
具体情形分析：
共同犯罪或关联行为：
- 如果多个违法行为人共同实施了某一犯罪行为，或者他们的行为在事实上存在紧密关联，那么这些行为通常会被视为一个整体，作为一个案件进行立案。这样做有助于全面、统一地审理案件，避免裁判冲突。
独立行为：
- 如果多个违法行为人分别实施了独立的违法行为，且这些行为之间没有明显的关联或共同事实基础，那么根据案件的实际情况，可能会考虑分别立案。分别立案有助于对每个违法行为进行单独的审理和裁判，确保责任的精准确定。
合并立案与分别立案的考量：
- 在决定是否合并立案或分别立案时，法院会综合考虑案件的具体情况，包括违法行为的性质、数量、关联程度以及诉讼效率等因素。如果合并立案能够提升诉讼效率，避免裁判冲突，且当事人同意，那么通常会选择合并立案。反之，如果分别立案更有利于案件的审理和裁判，那么会选择分别立案。
法律依据：
- 根据《民事诉讼法》的相关规定，当事人一方或双方为二人以上，其诉讼标的是共同的，或者诉讼标的是同一种类、人民法院认为可以合并审理并经当事人同意的，为共同诉讼，可合并立案。这一规定为合并立案提供了法律依据。
综上所述，一个案件有多个违法行为人时，是否分别立案取决于案件的具体情况以及违法行为人之间的行为关系。在司法实践中，法院会根据案件的实际情况和诉讼效率等因素进行综合考虑，并作出相应的决定。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。