关于16岁在学校打架是否会有案底的问题，这主要取决于打架的严重程度以及是否构成了犯罪。

1. 如果打架情节轻微，未构成犯罪，那么依据《中华人民共和国治安管理处罚法》进行处理，通常不会留下刑事案底，但可能会有治安处罚的记录。

2. 如果打架行为构成了犯罪，例如故意伤害致人轻伤及以上、聚众斗殴等，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，由于已满16周岁，需要负刑事责任。一旦被定罪量刑，就会留下案底。案底一旦形成，通常会伴随终身，可能对未来的升学、就业等方面产生影响，因为一些工作岗位和学校可能会对有案底者有所限制。

不过，值得注意的是，对于犯罪时不满18周岁且被判处五年以下有期徒刑的未成年人，相关犯罪记录会被封存，除司法机关办案需要或有关单位根据国家规定进行查询外，不得向任何单位和个人提供。

因此，建议青少年应遵守法律法规，避免因冲动而实施打架等违法行为，以免给自己的未来带来不利影响。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。