未满16周岁在学校打架是否会留下案底，需根据打架行为的性质、处理结果以及是否涉及刑事犯罪来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、不会留案底的情况
轻微打架行为，未构成犯罪：
- 若打架情节较轻，未造成严重后果，且未违反刑法规定，则通常不会构成犯罪。在此情况下，公安机关主要以批评教育为主，不会下达《公安行政处罚决定书》，因此不会留下案底。
未满14周岁的未成年人：
- 根据我国刑法规定，未满14周岁的人实施任何行为，都不承担刑事责任。因此，即使打架行为构成违法，但未成年人未被判处刑罚，同样不会留下案底。
治安管理处罚但不予执行：
- 若打架情节较轻，依法被给予治安管理处罚，但符合《治安管理处罚法》规定的特殊情形（如初次违反且已满14周岁不满16周岁），不予执行拘留的，也不会留下案底。因为治安管理处罚本身不属于犯罪记录。
二、会留案底的情况
构成刑事犯罪：
- 已满14周岁不满16周岁的人，若犯故意杀人、故意伤害致人重伤或死亡、强奸、抢劫、贩卖毒品、放火、爆炸、投放危险物质罪这八种严重犯罪，并被认定有罪，将留下刑事犯罪案底。因为此时未成年人需要承担刑事责任，且法院会作出刑事判决。
受到行政拘留等治安管理处罚：
- 若打架情节较重，受到了行政拘留等治安管理处罚，公安机关内部会有相关违法记录存档。虽然这种记录与刑事犯罪案底有所不同，但在某些特殊情况下（如报考军警类岗位）可能会有一定影响。不过，需要明确的是，单纯的治安管理处罚记录并不等同于刑事犯罪案底。
三、案底的影响与保护措施
影响：
- 未成年人的案底可能对其未来生活产生一定影响，如报考特定职业、升学等。但具体影响程度需根据案件性质、处理结果及法律规定综合判断。例如，对于被判处五年有期徒刑以下刑罚的未成年人，其犯罪记录会被封存，不对外提供，这在一定程度上减轻了案底对未成年人的负面影响。
保护措施：
- 法律对未成年人的犯罪记录进行了特殊的封存处理，以保护其隐私和未来发展机会。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，犯罪时不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的未成年人的犯罪记录，应当予以封存。
- 监护人应加强对未成年人的教育和监管，引导他们树立正确的价值观和法律意识，预防犯罪行为的发生。一旦未成年人出现犯罪行为，监护人应积极配合司法机关的工作，帮助未成年人认识错误并接受改造。
总结来看，未满16周岁在学校打架是否会留下案底，取决于打架行为的性质、处理结果以及是否涉及刑事犯罪。在处理此类案件时，应充分考虑未成年人的特殊性和法律对其的特殊保护，确保处理结果的公正性和合理性。如果您或您的孩子遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。