关于两笔年终奖如何扣税的问题，根据国家税务总局的相关规定，我可以为您提供以下解答：

首先，对于居民个人取得的全年一次性奖金，可以选择不并入当年综合所得，而是单独计算纳税。具体计算方法是：以全年一次性奖金收入除以12个月得到的数额，按照按月换算后的综合所得税率表，确定适用税率和速算扣除数，然后计算应纳税额。公式为：应纳税额=全年一次性奖金收入×适用税率-速算扣除数。

然而，对于在一年内取得多笔年终奖的情况，单独计税办法在一个纳税年度内只允许采用一次。因此，如果您在一年内收到了两笔年终奖，您可以选择其中一笔按照全年一次性奖金单独计税，而另一笔则需要并入当年综合所得计算纳税。

另外，您也可以选择将两笔年终奖都并入当年综合所得计算纳税。这种方法可能更适合那些年终奖数额较小，并入综合所得后税率变化不大的情况。

需要注意的是，全年一次性奖金在哪个年度发放就属于哪个年度的收入。因此，如果您的两笔年终奖分别在不同的年度发放，那么它们将分别属于不同的纳税年度，需要分别进行税务处理。

最后，具体的税务处理方法还需要根据您的个人情况和税务政策的具体规定来确定。建议您在处理前咨询专业的税务人员或机构，以确保您的税务处理符合相关规定并最大化您的利益。