一天内闯两个红灯，每次闯红灯的扣分和罚款是独立计算的，但累积记分达到12分时，公安机关交通管理部门会扣留驾驶证。同时，两次违章可以分开处理，但并不意味着可以逃避法律责任。

详细来说，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的规定，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的，每次记6分，并处以相应罚款。因此，一天内闯两个红灯会被分别记录，每次扣除6分，共扣除12分，并需要缴纳相应的罚款。

当驾驶人的累积记分达到12分时，公安机关交通管理部门会扣留其机动车驾驶证。驾驶人需要参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习，并通过考试才能重新获得驾驶证。

此外，虽然两次闯红灯可以作为独立的违章行为分开处理，但驾驶人仍应严格遵守交通规则，确保行车安全。闯红灯不仅危及自身和他人的生命财产安全，还会受到法律的严厉制裁。

如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。