如果企业没有完全代扣代缴个人所得税，这首先意味着企业没有履行其法定的税务责任。在我国，企业有明确的义务为员工代扣代缴个人所得税。如果企业未能做到这一点，可能会面临一系列后果。

首先，一旦此行为被相关税收机关发现，企业需要补充申报并支付已从员工处代扣但未缴纳的个人所得税款。此外，企业还可能面临税务部门的罚款处罚。根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，如果企业在规定期限内不缴或者少缴应纳税款，税务机关在责令限期缴纳后，逾期仍未缴纳的，可以采取强制执行措施追缴税款，并处以不缴或者少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。

为了避免这种情况，企业应建立完善的税务管理制度，确保税务申报的准确性和及时性。人力资源管理部门在完成薪酬计算后，应由专门负责税务申报的人员及时向当地税务机关进行申报。

对于员工来说，如果发现企业没有完全代扣代缴个人所得税，也应及时向税务部门反映，以保护自己的合法权益。同时，员工也可以咨询专业的税务顾问，了解自己的税务状况并采取相应的措施。

总的来说，企业未完全代扣代缴个人所得税是一种违法行为，不仅会影响企业的声誉和财务状况，还可能给员工带来不必要的税务风险。因此，企业应严格遵守相关税法规定，履行其代扣代缴责任。