首先，我们需要明确问题中的“过路费”指的是什么。如果是指企业运营过程中产生的交通费用，那么这部分费用在一般情况下是可以作为企业的运营成本进行抵扣的。然而，问题中提到“不是公司的车”，这意味着车辆可能并不属于公司资产，这会对费用的抵扣产生影响。
如果车辆虽不属于公司，但用于公司业务：在这种情况下，如果能够提供充分的证据证明该车辆确实用于公司业务，并且过路费是公司业务运营的必要支出，那么这部分过路费理论上仍然可以作为企业的运营成本进行抵扣。但具体能否抵扣以及抵扣的比例，还需要根据当地的税法和相关规定来确定。
如果车辆完全属于个人，且并未用于公司业务：在这种情况下，过路费一般不能作为企业的运营成本进行抵扣。因为这属于个人支出，与企业运营无关。
综上所述，过路费能否抵扣取决于车辆的使用情况和当地的税法规定。建议您在具体操作前，详细咨询当地的税务部门或专业税务顾问，以确保合法合规地进行税务处理。如果您有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。