如果个税申请不在此家公司就职，公司可能会因未正确履行代扣代缴义务而面临一定的处罚。具体来说：

1. 税务处罚：根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，如果公司未按规定代扣代缴个人所得税，税务机关可能会对公司进行处罚，包括罚款、滞纳金等。罚款的金额通常与未代扣代缴的税款金额相关，滞纳金则是按日计算，累加至税款缴清之日止。

2. 信用影响：公司的税务违规行为还可能会被记录在税务信用系统中，影响公司的税务信用等级。税务信用等级较低的公司可能会受到更严格的税务监管，甚至在某些情况下，可能会影响公司的业务合作和融资能力。

3. 法律责任：如果公司的税务违规行为情节严重，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。例如，如果公司故意逃避缴纳税款，数额较大并且占应纳税额一定比例的，就可能构成逃税罪。

因此，为了避免上述处罚和风险，公司应该严格遵守税法规定，正确履行代扣代缴个人所得税的义务。如果公司发现有员工个税申请不在本公司就职的情况，应及时与税务机关沟通并妥善处理。

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