个人所得税的返还是通过申请退付手续费的方式进行的，以下是详细的解答步骤：
一、返还比例及时限规定
返还比例：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》第十七条以及《国家税务总局关于发布〈个人所得税扣缴申报管理办法（试行）〉的公告》的相关规定，对扣缴义务人按照所扣缴的税款，会付给百分之二的手续费。
申请时限：
- 代扣、代收扣缴义务人和代征人需要在每年3月31日前，向税务机关提交上一年度的“三代”（代扣、代收、代征）税款手续费申请相关资料。如果因自身原因未及时提交申请，将视为自动放弃上一年度的手续费。
二、申请退付手续费的流程
登录系统：
- 扣缴单位的财务人员需要登录自然人电子税务局（扣缴端）。
进入核对模块：
- 在系统菜单中点击“退付手续费核对”，进入相应的界面。
确认信息：
- 系统会自动弹出确认信息提示框，点击“我知道了”后，系统会自动带出单户核对清册。
勾选并下一步：
查看并确认结报单：
- 查看并确认结报单的内容，特别是申请退付手续费的金额。
选择银行账户信息：
提交申请：
- 点击“申请退库”，系统再次弹出提示框后，点击“提交”。
等待审核：
- 提交完成后，系统将推送申请至税务机关及国库进行审核。审核通过后，申请的手续费将退到扣缴义务人办理退付手续费时选择的银行账户内。
三、注意事项
- 请确保提供的银行账户信息准确无误，以避免因信息错误导致手续费无法及时到账。
- 如果在申请过程中遇到任何问题或疑问，可以及时联系税务机关进行咨询和协助解决。
综上所述，个人所得税的返还是通过申请退付手续费的方式进行的，并且需要遵循一定的比例和时限规定。希望以上解答能够帮助您顺利申请到个人所得税的返还。