当个人独资企业将其房产投资到有限公司时，主要涉及以下税种：

1. 增值税及附加税费：

   • 如果个人独资企业将房产作为出资投入有限公司，并因此取得了有限公司的股权或其他经济利益，这一行为可能被视为销售不动产，从而需要缴纳增值税。
   • 增值税的税率通常为不动产所在地适用的税率，并可能伴随有城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加等附加税费。

2. 土地增值税：

   • 个人独资企业转让房产给有限公司，如果房产属于土地使用权或地上的建筑物及其附着物，且这一转让行为产生了增值，那么还需要缴纳土地增值税。
   • 土地增值税的税率根据增值额的大小采用超率累进税率，增值越多，税率越高。

3. 契税：

   • 有限公司作为房产的受让方，需要按照房产的成交价格（或评估价格）缴纳契税。
   • 契税的税率通常由房产所在地的地方政府规定，并可能因地区而异。

4. 印花税：

   • 投资合同或相关产权转移书据可能需要缴纳印花税，具体税率和计税依据依据当地政策确定。

5. 企业所得税（对于有限公司而言）：

   • 有限公司接受房产投资后，如果未来将该房产用于生产经营或出租等产生收入的活动，那么这些收入可能需要计入公司的应纳税所得额，并缴纳企业所得税。

6. 个人所得税（对于个人独资企业投资者而言）：

   • 个人独资企业的投资者从有限公司获得的分红、股权转让收入等可能需要缴纳个人所得税。

在处理这些税务问题时，建议咨询当地税务部门或专业税务顾问，以确保合规并优化税务成本。如果您有任何具体的税务问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。