自然人独资有限责任公司在税务上的缴纳主要遵循企业所得税法、增值税暂行条例以及个人所得税的相关规定。以下是详细的缴纳步骤和注意事项：

一、确定纳税义务

首先，公司需要根据其实际运营情况，确定应纳税收入、申请税收奖励收入、减计收入以及允许扣除的费用等项目。这是计算应纳税额的基础。

二、计算应纳税额

1. 企业所得税

• 应纳税所得额 = (收入总额 - 申请税收奖励收入 - 减计收入 - 允许扣除的费用) × (1 - 允许扣除的损失)
• 应纳企业所得税额 = (应纳税所得额 × 适用税率) - 税收扶持额
  • 其中，适用税率一般为25%，但符合条件的小型微利企业可以享受20%或15%的优惠税率。
  • 税收扶持额包括符合条件的高新技能企业、软件企业、集成电路企业等享受的企业所得税优惠。

2. 增值税

• 应纳增值税额 = (销售额 × 适用税率) - 进项税额
  • 销售额包括货物销售收入、提供劳务收入、转让无形资产收入和不动产收入等。
  • 适用税率根据行业和规模分为13%（或小微1%）、9%、6%和3%（或小微1%）四档。
  • 进项税额为公司在购进货物、接受劳务、取得无形资产或不动产时支付的增值税金额。

3. 个人所得税

对于自然人独资有限公司，其经营所得还需要按照个人所得税的规定进行缴纳。具体税率和计算方式依据个人所得税税率表及公司的实际经营所得来确定。

三、缴纳税款

公司应当按照规定的期限和方式，向其主管税收单位缴纳应纳的企业所得税款、增值税款以及个人所得税款，并确保保存相关凭证和账册。

四、注意事项

1. 选择合适的纳税期限：公司可以选择按月或按季度申报纳税，但一旦选择，不得随意更改。
2. 准确填写申报表：申报纳税时，应当填写完整、准确、真实的企业所得税月（季）度纳税申报表和增值税纳税申报表，并附上相关资料和证明。
3. 使用正确名称和纳税人识别号：缴纳税款时，应当使用公司的名称和纳税人识别号，以便于税收单位核对和管理。
4. 关注税务政策变化：税务政策可能会随着时间和国家政策的调整而发生变化，公司需要密切关注税务政策的更新，及时调整税款核算方法和策略，确保合规纳税。

综上所述，自然人独资有限责任公司在税务上的缴纳涉及多个方面和步骤，需要公司严格按照税法规定进行操作，确保合规纳税。如有任何疑问或需要进一步的帮助，建议咨询专业的税务顾问或税务机构。