针对“京东配送员超时会罚什么”这一问题，首先需要明确的是，京东对于配送员超时的具体处罚措施可能因情况而异，且通常这类信息属于公司内部管理政策，不一定对外公开。不过，从京东过往的公开信息和一般行业惯例中，我们可以尝试给出一些可能的解答。
在正常情况下，京东配送员如果因为个人原因（如迟到、早退、无故旷工等）导致配送超时，可能会面临一定的处罚。这些处罚可能包括但不限于：
扣款或罚款：根据超时的严重程度和公司的具体规定，配送员可能需要支付一定的罚款或从其工资中扣除一部分作为惩罚。
绩效扣分：京东可能会有一套绩效评价体系，用于评估配送员的工作表现。超时配送可能会影响配送员的绩效评分，进而影响其未来的晋升机会或奖金发放。
培训或教育：对于多次超时的配送员，京东可能会要求其参加额外的培训或教育活动，以提高其工作效率和服务质量。
严重情况下的解雇：如果配送员超时情况特别严重，或者多次违反公司规定，京东可能会考虑解除与其的劳动关系。
然而，也需要注意到，在某些特殊情况下，如系统故障、天气恶劣、交通拥堵等不可抗力因素导致的配送超时，京东通常会采取更加宽容的态度，并可能不会对配送员进行处罚。例如，在您提供的参考信息中，京东外卖就因系统故障导致的配送问题，明确表示不会让骑手因系统问题担责，并会全额支付骑手应得的配送收入。
综上所述，京东配送员超时的具体处罚措施取决于多种因素，包括超时的原因、公司的具体规定以及配送员的工作表现等。如果您是京东配送员或对此有进一步疑问，建议直接咨询京东的相关部门或管理人员以获取更准确的信息。