针对“违规私自修建码头怎么处罚”的问题，以下是根据相关法律法规及实际处理流程给出的详细解答：
一、法律法规依据
- 《中华人民共和国水法》：
- 第三十八条规定，在河道管理范围内建设桥梁、码头等建筑物，应报经有关水行政主管部门审查同意。
- 第六十五条第二款规定，未经水行政主管部门同意，擅自修建码头等建筑物，由县级以上人民政府水行政主管部门责令停止违法行为，限期补办手续；逾期不补办或补办未被批准的，责令限期拆除；逾期不拆除的，强行拆除，费用由违法者负担，并处一万元以上十万元以下的罚款。
二、实际处理流程
立案调查：
- 水利工作人员在检查或接到举报后，发现涉嫌违规修建码头的行为，将进行立案调查。
- 调查过程中，会收集相关证据，如现场照片、视频、证人证言等，以证明违法事实。
下达通知书：
- 立案后，水行政主管部门会向码头利害关系人下达《接受调查通知书》及《责令停止违法行为通知书》。
- 要求利害关系人在规定时间内接受调查，并立即停止违法行为。
公告与接受处理：
- 如利害关系人未在规定时间内接受处理，水行政主管部门将发布公告，要求利害关系人限期接受调查。
- 公告期满，如利害关系人仍未接受处理，将视为放弃主张权利。
强制拆除与罚款：
- 如利害关系人逾期不拆除违规修建的码头，水行政主管部门将报经县级以上人民政府批准后，依法予以强制拆除。
- 拆除所需费用由违法者负担，并处一万元以上十万元以下的罚款。
三、建议与提醒
- 合规建设：在河道管理范围内修建码头等建筑物，应事先咨询并报经水行政主管部门审查同意，确保合规性。
- 及时整改：如收到水行政主管部门的调查通知或责令停止违法行为通知，应积极配合调查，并及时整改违法行为。
- 避免损失：违规修建码头不仅可能面临强制拆除和罚款，还可能对河道安全和水环境造成不良影响。因此，建议遵守相关法律法规，合规进行建设活动。