医保在单位退休和在灵活就业退休的主要区别体现在缴费方式、缴费基数、缴费费率以及医保待遇上，以下是详细的解释：
一、缴费方式
- 单位退休医保：由用人单位和职工共同缴纳基本医疗保险费。
- 灵活就业退休医保：所有医保费用由个人全部缴纳。
二、缴费基数
- 单位退休医保：用人单位缴费基数为本单位职工上年度工资总额，职工个人缴费基数为本人上年度工资总额。若单位和职工缴费基数低于上年度全省全口径城镇单位就业人员平均工资，则以上年度全省全口径城镇单位就业人员平均工资的80%为缴费基数下限；高于全省全口径城镇单位就业人员工资300%的，不计入缴费基数。
- 灵活就业退休医保：缴费基数为上年全省全口径城镇单位就业人员平均工资。
三、缴费费率
- 单位退休医保：单位缴费费率（含生育）为缴费基数的8.5%，职工个人缴费费率为本人缴费基数的2%。
- 灵活就业退休医保：参保人员35周岁以下（含35周岁）的缴费费率为缴费基数的3.4%，35周岁以上的缴费费率为缴费基数的4.4%。
四、医保待遇
医保个人账户：
- 灵活就业方式参保：在达到法定退休年龄前，不建立医保个人账户；达到法定退休年龄但未达到当地基本医疗保险最低实际缴费年限需继续缴费的，建立医保个人账户，并划入一定资金；达到医保规定缴费年限办理医保退休的，与单位退休职工一样建立医保个人账户，且划入标准相同。
- 单位参保：职工个人缴纳的2%全部计入个人账户，退休后每月划入标准为固定金额（如89.07元，具体标准可能因地区而异）。
生育待遇：
- 单位参保女职工生育的，符合规定的可享受生育津贴，计算方式通常与上年度单位平均缴费工资和产假天数有关。
- 灵活就业方式参保的，符合规定可享受生育补助金，计算方式通常与当地最低工资标准和固定天数（如98天）有关。
综上所述，医保在单位退休和在灵活就业退休的区别主要体现在缴费的各个方面以及医保待遇上。这些区别可能会因地区政策的不同而有所差异，建议咨询当地医保部门以获取最准确的信息。