当员工违反公司规定被罚款时，公司应遵循一系列清晰、详细且合法的处理流程。以下是对此问题的深入解答：
一、罚款的合法性与前提
规章制度的明确性：首先，公司必须有明确、合法且经过公示的规章制度，其中应详细列明哪些行为构成违规以及相应的罚款标准。这是罚款合法性的基础。
罚款数额的限制：罚款数额应合理，且不得违反相关法律法规。通常，每月扣除的工资不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地月最低工资标准。
二、罚款的实施流程
正式告诫：在决定罚款之前，公司通常会对员工进行正式告诫，可以是书面也可以是口头形式，明确提醒其不可再犯，并告知其违规行为的后果。
罚款通知：如果员工继续违规，公司应发出正式的罚款通知，明确罚款的原因、数额以及扣款方式。
执行罚款：罚款通知发出后，公司应按照规定的程序从员工的工资中扣除相应的罚款。
三、其他可能的处罚措施
除了罚款外，公司还可以根据违规行为的严重程度采取其他处罚措施，如：
调岗降薪：对于情节较为严重但对工作未产生毁灭性影响的违规行为，公司可考虑调整员工的岗位和薪资待遇。但这一措施应遵循合法、合理、协商一致的原则，并与员工进行沟通。
解除劳动合同：对于严重违纪行为，如严重违反公司规章、给公司造成重大损失等，公司有权解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
四、确保处罚程序的合法合规
规章制度的制定与公布：规章制度的制定应经过民主程序，并向全体员工公示，确保其知晓并理解。
保留证据：在处罚过程中，公司应保留相关证据，如违规行为的记录、告诫通知、罚款通知等，以备后续可能的法律纠纷。
遵循法定程序：处罚过程应遵循公正、公平、公开的原则，保障员工的合法权益，避免引发劳动纠纷或其他法律风险。
五、员工的权益保护
员工在面临罚款等处罚时，也有权了解自己的违规行为和处罚依据，并有权提出申诉或异议。公司应尊重员工的权益，及时回应其关切，并确保处罚过程的透明性和公正性。
综上所述，员工违反公司规定被罚款时，公司应遵循合法、合理且明确的处理流程，确保处罚的公正性和有效性，同时保障员工的合法权益。