员工突然自离，用人单位仍需支付其已实际提供劳动部分的工资。
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第九条，劳动者付出劳动即应获得相应劳动报酬，且劳动关系解除或终止时，用人单位应一次付清劳动者工资。这一原则明确了无论员工离职原因如何，只要其提供了劳动，就有权获得相应的工资报酬。
正常提供劳动的工资支付：员工在自离前按照用人单位的安排正常提供了劳动，用人单位应按照双方约定的工资标准和实际工作天数计算并支付工资。例如，月薪制员工按月薪除以月工作天数（一般为21.75天）再乘以实际工作天数来计算。
可能扣减工资的情况：若员工自离导致用人单位经济损失，用人单位可要求员工赔偿，并从工资中合理扣除，但扣除额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。同时，如果员工未按规定办理离职手续，如未归还财物、未完成工作交接等，用人单位可暂扣部分工资作为保证金，待员工完成相关手续后再行支付，但这不构成无故拖欠或克扣工资的理由。
综上所述，员工突然自离，用人单位仍需按照法律规定支付其应得的工资，但同时也应注意保留相关证据，以维护自身的合法权益。如果员工自离给用人单位造成了损失，用人单位可以依法要求赔偿，并按照规定从工资中合理扣除。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。