在商品房楼顶自建房是不合法的。以下是我对此问题的详细分析：

1. 法律层面分析：

   • 根据相关法律法规，楼顶通常属于建筑物的共有部分，归全体业主共同所有，单个业主不具有独立的处分权。
   • 未经法定程序和相关部门批准，私自于楼顶建房，改变了建筑物的原有规划和结构，这违反了城乡规划相关法律法规。
   • 相关部门有权责令拆除违法建筑，并对责任人进行处罚。

2. 安全与功能影响：

   • 楼顶建房可能增加楼顶负荷，对房屋结构安全造成威胁。
   • 新增的建筑可能影响排水、防水等设施的正常运行，损害其他业主的合法权益。

3. 实际案例与后果：

   • 在实际案例中，未经合法审批在商品房楼顶建房多被认定为违建，并面临拆除和罚款等处罚。
   • 即使阁楼建成，后续在房屋交易时，因属于违法搭建部分，也可能面临诸多问题，影响房屋正常交易与产权变更。

综上所述，从法律、安全以及实际后果等多个角度来看，在商品房楼顶自建房是不合法的。如果你有相关需求或面临此类问题，建议咨询相关部门或专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。