关于医师能否跨省注册两个机构的问题，这主要涉及到医师的多点执业政策。以下是对此问题的详细解答：
一、政策背景
根据卫生部关于医师多点执业的有关通知以及后续的相关政策调整，医师多点执业是指医师在两个以上医疗机构从事诊疗活动，这一政策旨在推动医务人员的合理流动，促进不同医疗机构之间人才的纵向和横向交流。
二、跨省注册两个机构的具体规定
医师多点执业的分类管理：
- 医师执行政府指令任务，如卫生支农、支援社区等，由所在医疗机构批准。
- 多个医院通过签订协议等形式开展医疗合作的，医师可以在合作医院执业，但需向《医疗机构执业许可证》登记机关备案。
- 医师受聘在两个以上医疗机构执业的，需要向卫生行政部门申请增加注册的执业地点。
跨省执业的限制与放开：
- 早期政策中，医师原则上应当在同一省、自治区、直辖市内执业，且地点不超过3个。
- 但随着政策的逐步放开，特别是国家卫计委发布的新版《医师执业注册管理办法》中，明确提到医师多点执业点数量不限，且执业医师可异地多点执业。这意味着医师跨省注册两个机构在政策上已经成为了可能。
注册与备案流程：
- 医师需要确定一个机构作为其主要执业机构，并向批准该机构执业的卫生行政部门申请注册。
- 对于拟执业的其他机构，无论是同省还是跨省，医师都需要向批准该机构执业的卫生行政部门分别申请备案，并注明所在执业机构的名称。
三、实际操作中的注意事项
- 医师在跨省注册两个机构时，需要确保自己符合相关卫生行政部门规定的条件，如专业技术任职资格、身体健康状况等。
- 医师需要与受聘的各医疗机构就发生医疗事故或民事纠纷时的法律责任分担以及其他相关事宜签订协议。
- 卫生行政部门会加强对多点执业医师的注册、考核和监管，以确保医疗质量和医疗安全。
综上所述，根据当前的政策规定，医师是可以跨省注册两个机构的。但在实际操作中，还需要遵循相关的注册与备案流程，并确保自己符合相关条件。同时，医师也需要加强自律，确保医疗质量和医疗安全。