医师资格证是能注册两个医院的，但这涉及到医师的多点执业问题，需要遵循一定的规定和流程。

首先，根据相关政策，医师多点执业是指医师在两个以上医疗机构从事诊疗活动，这是被允许的，并且国家还鼓励医师到县级以下医疗卫生机构提供医疗卫生服务。然而，多点执业并不意味着可以随意在多个医院执业，而是需要按照一定的程序进行申请和备案。

具体来说，如果医师想在两个医院执业，需要以一个医院为主执业机构，并向该机构所在地的卫生行政部门申请注册。对于拟执业的其他医院，则需要向相应卫生行政部门申请备案，注明所在执业机构的名称。备案内容包括医师的姓名、执业类别、职称、工作时间和执业地点等。

此外，医师多点执业还需要满足一些条件，比如具备相应的专业技术任职资格、身体健康状况良好、能够完成工作任务等。同时，医师还需要与受聘的各医疗机构就发生医疗事故或者民事纠纷时的法律责任分担以及其他相关事宜签订协议。

总的来说，医师资格证能注册两个医院，但需要遵循相关规定和流程进行申请和备案，并确保满足多点执业的条件和要求。这样才能保证医疗质量和医疗安全，同时也方便患者就医和提高医疗技术水平。