当土地被他人确权导致需要赔偿时，主要负责处理此事的部门是自然资源部门。以下是详细的分析和解答：

1. 确权与赔偿的责任部门：

   • 自然资源部门主要负责土地的确权登记工作，他们有义务对确权过程进行仔细审查，并对发现的错误及时进行纠正。
   • 如果土地被他人错误确权，且因此导致你需要赔偿，那么首先应向自然资源部门反映相关情况，由他们进行核实和处理。

2. 具体的操作流程：

   • 准备好与土地权属相关的证明材料，如土地承包合同、土地使用证等。
   • 前往当地自然资源部门的地籍管理科室或相关办事窗口，清晰说明土地被错误确权的具体情况。
   • 提交准备好的证明材料，并填写相关的申请表格。
   • 自然资源部门会对你的申请进行严格审核，并开展深入的调查核实工作。如果确实属于确权错误，他们将会依法对错误进行更正，并可能涉及赔偿事宜。

3. 后续行动：

   • 如果你对自然资源部门给出的处理结果不满意，还可以向上级自然资源部门或相关的行政复议机关申请复议，以更好地维护你的土地权益。
   • 在整个过程中，如果涉及法律诉讼或需要进一步的法律帮助，你可以咨询专业律师（如我）以获取更具体的法律建议和支持。

综上所述，当土地被他人确权导致需要赔偿时，你应首先向自然资源部门反映情况并寻求解决。如果问题无法得到妥善解决，再考虑通过法律途径维护自己的权益。