单位收到法院协助执行通知书后不配合，可能会面临一系列严重的法律后果。

首先，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，有关单位接到人民法院协助执行通知书后，有义务协助查询、扣押、冻结、划拨、变价财产，或者协助扣留被执行人的收入、办理有关财产权证照转移手续、转交有关票证、证照或者其他财产。如果单位拒绝或妨碍人民法院的协助执行要求，人民法院除责令其履行协助义务外，还可以对其予以罚款。

其次，如果单位擅自向被执行人或其他人支付已被要求协助执行的财产，人民法院有权责令其限期追回。逾期未追回的，人民法院可以裁定该单位在支付的数额内向申请执行人承担责任。这意味着，单位不仅要承担因不配合执行而产生的法律责任，还可能需要赔偿申请执行人的损失。

此外，对于仍不履行协助义务的单位，人民法院还可以对其主要负责人或者直接责任人员予以拘留，并可以向监察机关或者有关机关提出予以纪律处分的司法建议。这将对单位的声誉和运营产生极大的负面影响。

综上所述，单位收到法院协助执行通知书后，应当积极配合执行，履行协助义务。否则，可能会面临罚款、赔偿损失、拘留以及纪律处分等严重的法律后果。因此，建议单位在收到协助执行通知书后，及时与法院沟通，明确协助执行的具体要求，并严格按照要求履行协助义务，以避免不必要的法律风险。