协查函通常由具有调查、执法或司法职能的部门出具。这些部门可能包括但不限于公安机关、检察机关、法院、司法行政部门等。具体由哪个部门出具，取决于协查函所涉及的具体事项、法律法规的规定以及相关部门的职责范围。

例如，如果协查函涉及刑事案件的调查，那么可能由公安机关或检察机关出具；如果涉及行政执法的协调监督，那么可能由司法行政部门的相应机构出具。

因此，要确定协查函的具体出具部门，需要根据协查函的具体内容和背景来进行判断。如果您收到了协查函或需要了解协查函的相关事宜，建议您仔细阅读协查函的内容，并咨询相关专业人士或法律顾问以获取更准确的解答。