处理历史遗留的违章建筑是一个复杂且需综合考量多方面因素的问题。以下是一份清晰、详细、有深度的解答指南，旨在帮助您理解并处理这类问题：
一、了解相关法律法规
首先，深入研读《城乡规划法》、《土地管理法》等相关法律法规，明确违章建筑的认定标准、处理程序及法律后果。同时，关注地方政府是否针对历史遗留违章建筑出台了特殊政策或解决方案，以确保处理方案的合法性和针对性。
二、核实建筑情况
通过实地调查和资料收集，全面掌握建筑的位置、面积、结构、用途、建造时间及历史背景等关键信息。将建筑信息与当前及历史规划进行比对，判断其是否符合规划要求，或是否有可能通过调整来符合规划。
三、与相关部门沟通
与城乡规划、土地管理等部门保持密切沟通，了解其对违章建筑的具体态度和处理意见。咨询相关部门是否有针对历史遗留问题的特殊政策或处理流程，以确保处理方案的合规性。
四、评估并制定处理方案
根据建筑的实际情况、法律法规要求及社会效益，制定合理、可行的处理方案。具体处理方式可能包括：
五、实施处理方案
按照法定程序组织实施处理方案，确保操作的合法性和规范性。在拆除或整改过程中，严格遵守安全规定，确保操作的安全性。同时，与相关当事人保持良好沟通，解释处理方案，避免引发纠纷或冲突。
六、后续跟进和管理
处理完成后，对相关区域进行持续跟进和管理，防止新的违章建筑出现。对已处理的违章建筑进行定期复查和监管，确保其符合规划要求和安全标准。根据实际情况和政策变化，适时调整管理策略和处理方案。
七、特殊政策案例（以深圳市为例）
以深圳市为例，该市针对农村城市化历史遗留产业类和公共配套类违法建筑出台了专门的处理办法。该办法明确了适用对象、处理部门及职责、安全纳管要求、建设时间认定、规划土地审查内容以及简易处理流程等。对于符合特定条件的历史违建，可以通过补办手续、缴纳罚款和地价等方式实现合法化，并申请办理房地产登记。
综上所述，处理历史遗留的违章建筑需综合考虑法律法规、实际情况及社会影响等多方面因素。在遵循法律法规的基础上，尊重历史事实，保障当事人权益，寻求合理合法的解决方案，并实现社会效益的最大化。