针对“医疗机构未建立消毒登记本怎么处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规和流程为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，医疗机构未建立消毒登记本属于违反了消毒管理的相关规定。具体来说，根据《消毒管理办法》（2017年修订）的第四条，医疗卫生机构应当建立消毒管理组织，制定消毒管理制度，并执行国家有关规范、标准和规定，这其中包括了定期开展消毒与灭菌效果检测工作，以及相应的登记和记录。
对于违反这一规定的医疗机构，根据《消毒管理办法》的第四十一条，由县级以上地方卫生行政部门责令限期改正，并可以处5000元以下罚款。如果因未执行相关规定导致感染性疾病暴发的，处罚将更加严厉，可以处5000元以上20000元以下罚款。
接下来，是处罚的具体流程：
受理责任：卫生行政部门在发现医疗机构存在未建立消毒登记本的违法行为后，将及时受理并做好记录。
立案责任：对符合立案条件的案件，卫生行政机关将在七日内立案，并制作立案报告，确定立案日期和承办人。
调查取证：卫生行政机关将组织调查取证，查明违法事实。这一过程中，必须有两名以上执法人员参加，并出示有关证件。调查结束后，将写出调查报告，详细说明案由、案情、违法事实等。
审查责任：对案件调查报告进行合议审查，包括违法事实、证据、调查取证程序等方面，并提出处理意见。
告知责任：在作出行政处罚决定前，卫生行政机关将制作《行政处罚事先告知书》送达当事人，告知其行政处罚认定的事实、理由和依据，以及当事人依法享有的权利。
决定责任：根据案件具体情节，卫生行政机关将依法作出行政处罚决定，并制作行政处罚决定书。
送达与执行：行政处罚决定书将按照法定方式送达当事人，并督促其自觉履行处罚决定。
综上所述，医疗机构未建立消毒登记本将面临由县级以上地方卫生行政部门责令限期改正和罚款的处罚。同时，整个处罚过程将严格按照法定程序进行，确保处罚的公正性和合法性。因此，建议医疗机构务必重视消毒管理工作，建立健全相关制度，确保医疗安全。