医疗机构未填写消毒记录的处罚需根据具体情节和法律规定综合判定，主要涉及行政处罚，情节严重可能涉及刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处罚依据及类型
   根据《消毒管理办法》第四十一条规定，医疗机构未建立或未执行消毒管理相关制度（包括消毒记录制度）的，由县级以上地方卫生行政部门责令限期改正，可处5000元以下罚款；造成感染性疾病暴发的，可处5000元以上20000元以下罚款。

   • 关键情节：是否因未记录导致消毒流程无法追溯、是否引发感染事件等，直接影响处罚力度。
     
   • 程序要求：卫生行政部门需先下达《责令改正通知书》，逾期未改或拒不改正的，才会启动罚款程序。

2. 刑事责任风险（极端情况）
   若未填写消毒记录的行为导致重大传染病传播、多人感染严重疾病等后果，可能触犯《刑法》第三百三十条【妨害传染病防治罪】，对直接责任人员处三年以下有期徒刑或拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。

   • 构成要件：需证明未记录行为与传染病传播之间存在直接因果关系，实践中认定标准严格。

3. 其他潜在责任

   • 民事赔偿：若患者因消毒不规范感染疾病，可依据《民法典》第一千二百一十八条主张医疗机构承担侵权赔偿责任。
     
   • 行业惩戒：卫生行政部门可能将违规行为记入医疗机构信用档案，影响评级、医保定点资格等。

建议行动：
若您是医疗机构管理者，应立即完善消毒记录制度并补全历史记录；若您是患者或监管方发现此类问题，可向当地卫生健康委员会举报（举报电话12320），或通过行政复议/诉讼途径主张权利。

如有具体案件细节（如未记录的持续时间、是否引发后果等），可进一步向我说明，我会结合地方性法规为您细化分析。