针对您提出的“医疗机构没有按照规定消毒医疗器械该怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，医疗机构未按照规定对医疗器械进行消毒，或者对按照规定应一次使用的医疗器具未予销毁而再次使用的行为，是违反相关法律法规的。
根据相关法律法规的规定，对于此类违法行为，县级以上人民政府卫生行政部门有权进行处罚。具体处罚措施包括：
责令改正：卫生行政部门会要求医疗机构立即停止违法行为，并按照规定对医疗器械进行消毒或销毁。
通报批评：卫生行政部门会对医疗机构的违法行为进行通报，以警示其他医疗机构。
给予警告：对医疗机构进行警告，提醒其严格遵守相关法律法规。
造成严重后果的处罚：如果医疗机构的违法行为造成了传染病传播、流行或其他严重后果，那么对负有责任的主管人员和其他直接责任人员，将依法给予降级、撤职、开除的处分，并可以依法吊销有关责任人员的执业证书。
构成犯罪的追究刑事责任：如果医疗机构的违法行为构成犯罪，那么将依法追究其刑事责任。
此外，根据《市场监督管理行政处罚程序暂行规定》，对于此类行政处罚案件，市场监督管理部门应在立案之日起九十日内作出处理决定。如果因案情复杂或其他原因不能在规定期限内作出处理决定，可以经市场监督管理部门负责人批准延长三十日。案情特别复杂或有其他特殊情况的，还可以继续延期，但需由市场监督管理部门负责人集体讨论决定。
综上所述，医疗机构未按照规定消毒医疗器械将面临严厉的处罚。因此，我建议医疗机构应严格遵守相关法律法规，确保医疗器械的消毒和使用符合规定，以保障患者的健康和安全。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。