遇到有人非法侵占农民耕地的情况，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
首先，明确结论：非法侵占农民耕地是违法行为，您可以通过协商、调解、行政举报以及法律途径等多种方式来维护自己的权益，并促使违法者受到应有的法律制裁。
一、初步应对措施
与侵权人协商：
- 尝试直接与非法侵占耕地的侵权人沟通，要求其立即停止侵权行为，并恢复耕地原状。这是解决争端的直接且快速的方式。
寻求第三方调解：
- 若协商无果，可向当地村委会或乡镇政府求助，利用这些机构的权威性和公信力进行调解，以期达成双方都能接受的和解方案。
二、行政举报途径
向自然资源部门举报：
- 自然资源部门负责土地资源的管理和监督。发现非法侵占耕地行为时，应及时拨打12336自然资源违法举报电话，或书面反映至当地自然资源局，提供详细情况说明，包括非法占用的具体位置、面积、占用者信息及占用方式等。
向农业农村部门反映：
- 如非法侵占耕地影响了农业生产功能或损害了农民权益，可向农业农村部门举报。可通过前往办公地点当面反映或拨打政务服务热线等方式进行。
三、法律救济手段
提起民事诉讼：
- 当非法侵占耕地给您造成直接经济损失时，可向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。需准备民事起诉状，明确原被告信息、诉讼请求及事实与理由，并提交相关证据材料，如土地承包经营权证、损失评估报告等。
- 法院将依法审理案件，要求侵权人停止侵害、排除妨碍、返还土地并赔偿损失。
提起刑事控告：
- 根据《中华人民共和国刑法》的规定，非法占用耕地数量较大且造成大量毁坏的行为构成犯罪。如遇此类情况，应向当地公安机关报案，提供相关线索和证据，由公安机关立案侦查并移送检察院审查起诉，最终由法院依法审判。
四、注意事项
- 在整个处理过程中，务必保留好所有相关证据，包括现场照片、视频记录、书面文件等，以确保在需要时能够有力证明侵权事实和损失情况。
- 了解并熟悉相关法律法规，以便在维权过程中更加准确地运用法律武器保护自己的合法权益。
综上所述，面对非法侵占农民耕地的情况，您应首先尝试通过协商和调解解决问题；若无效，则应及时向相关部门举报并采取法律手段维护自身权益。同时，积极举报违法行为也是共同守护耕地安全的重要责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。