首先，针对您提出的“智齿长出一半被肉包着肿痛怎么办”的问题，这主要是一个口腔医学问题，而非法律事务问题。但作为您的法律顾问，我可以从一般建议和可能涉及的法律权益角度为您提供一些信息。
医学建议：
- 及时就医：智齿部分被牙龈覆盖并出现肿痛，可能是智齿冠周炎的症状。建议您尽快前往正规口腔医院或口腔科就诊，由专业医生进行检查和治疗。
- 可能的治疗方案：医生可能会根据您的具体情况，建议进行冠周冲洗、上药，或者必要时进行智齿拔除等手术。
法律权益：
- 医疗服务合同：在就医过程中，您与医疗机构之间会形成医疗服务合同关系。确保医疗机构具有相应的资质，医生具备执业资格，是保障您合法权益的基础。
- 知情同意：在接受任何医疗服务前，您有权利了解治疗方案、风险、费用等详细信息，并签署知情同意书。
- 医疗纠纷处理：如果治疗过程中发生医疗纠纷，您可以通过与医疗机构协商、向卫生行政部门投诉、提起民事诉讼等途径维护自己的合法权益。
虽然我的专业领域是法律，但对于您的口腔健康问题，我建议您首先关注医学方面的解决方案。如果您在就医过程中遇到任何法律方面的问题或疑虑，可以随时向我咨询。我会为您提供必要的法律支持和建议。