房产证之所以会有两个，主要是因为在历史的不同阶段，我国房地产登记制度进行了改革和更新。过去，房屋和土地是分别进行登记的，因此会有分别颁发的《房屋所有权证》（通常称为“房产证”红本）和《国有土地使用证》。然而，为了更加高效、统一地管理不动产，我国后来推行了不动产登记制度，将房屋所有权和土地使用权合并登记，统一颁发《不动产权证书》。
具体来说：
《房屋所有权证》（红本）：这是过去市场商品房的房产证，表示购房者具有对该房产行使占有、使用、处分的权利，也可以上市交易或者抵押贷款。红本房产证是房产所有权和土地所有权合一的证，即买下房子后，房屋和土地都完全属于购房者。
《不动产权证书》：随着不动产登记制度的推行，现在购进商品房办证时，不再分别办理《房屋所有权证》和《国有土地使用证》，而是改为由一个部门办理一本《不动产权证书》。这本证书是房产证和土地使用权证书的合二为一，内容更加详细，包括房屋所有权人、共有情况、房屋坐落、登记时间、房屋性质、规划用途、房屋状况和土地状况，以及新增的镭射区、不动产单元号、适用期限等内容。
因此，如果现在看到有人拥有两个房产证，可能是因为他们在不动产登记制度推行前购买了房产并获得了《房屋所有权证》，而在之后可能又因为某些原因（如补办、更新等）获得了《不动产权证书》。不过，按照国家“不变不换”的原则，只要权利不变动，旧证依然有效，不需要特意去换新证。
总的来说，房产证有两个的情况主要是由于我国房地产登记制度的历史变迁所导致的。现在，随着不动产登记制度的完善和推广，《不动产权证书》已经成为了主流的房产证明文件。