根据宪法，有权决定特别行政区设立及其基本制度的是全国人民代表大会。

我国《宪法》第31条规定：“国家在必要时得设立特别行政区。在特别行政区内实行的制度按照具体情况由全国人民代表大会以法律规定。”同时，《宪法》第62条也明确规定，全国人民代表大会有权“决定特别行政区的设立及其制度”。从这两条规定可以看出，设立特别行政区及其基本制度，必须经由全国人民代表大会的决定。

特别行政区是指在我国领土内，根据《宪法》和法律的规定，实行的政治、经济和法律制度不同于一般行政区域的地方行政区域。它享有高度自治权，但直接受中央人民政府的领导。这一制度的设立，是我国根据具体情况和实际需要，为保持国家统一和领土完整，同时促进特别行政区繁荣稳定而作出的重要决策。

因此，全国人民代表大会作为最高国家权力机关，有权决定特别行政区的设立及其基本制度。