遇到承包地树木纠纷，您可以根据具体情况选择以下部门进行处理：

1. 双方协商、村委会或居委会调解：

   • 首先，建议您与对方当事人进行友好协商，尝试达成和解。
   • 如果协商不成，您可以向当地的村委会或居委会申请调解，利用他们熟悉当地情况的优势来调和双方矛盾。

2. 乡镇人民政府或街道办事处：

   • 当涉及土地承包经营权证发放、变更、撤销等行政行为，或合同履行、土地调整等争议，且协商、调解无果时，您可以向乡镇人民政府或街道办事处反映情况，他们会进行调查、核实，并作出处理决定。

3. 农业农村主管部门及农村土地承包仲裁机构：

   • 对于复杂、争议较大的土地承包纠纷，特别是涉及专业性、政策性问题，您可以向农业农村主管部门申请调解，或向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，可申请强制执行。

4. 自然资源部门：

   • 如果纠纷涉及土地权属认定、土地利用规划等方面，您可以向自然资源部门申请调查、处理，他们会提供专业意见。

5. 人民法院：

   • 当纠纷无法通过上述方式解决，或您对处理结果不满，认为自身权益受到侵害时，可以向人民法院提起诉讼。人民法院将依法审理并作出判决，判决具有终局性和强制执行力。

在处理此类纠纷时，请务必收集好相关证据，如土地承包合同、林权证、栽种记录、协商记录、双方沟通的短信、微信聊天记录、通话录音等，以维护您的合法权益。如果您在收集证据或处理纠纷过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。