当法院判决撤销商铺合同时，双方需要按照一系列步骤来处理合同撤销后的相关事宜。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

一、理解合同撤销的法律后果

1. 合同自始无效：法院判决撤销合同后，该合同自始没有法律约束力，即视为双方从未订立过此合同。
2. 财产返还：双方需返还因该合同取得的财产。如果一方已经履行了合同义务（如支付了租金或交付了商铺），另一方应返还相应财物或作价值补偿。

二、处理合同撤销后的具体事宜

1. 协商处理：

   • 双方应首先通过协商，明确各自应返还的财产及可能存在的补偿问题。
   • 可以签订一份解除协议，详细列明解除合同的相关事宜，如补偿金额、租金退还方式等。

2. 履行返还义务：

   • 根据协商结果或法院判决，双方应履行返还义务，确保财产恢复到合同订立前的状态。
   • 如涉及金钱返还，应明确返还的时间、方式及金额。

3. 赔偿损失：

   • 如果合同撤销是由于一方过错导致的，过错方应赔偿对方因此所遭受的损失。
   • 双方都有过错的，应各自承担相应责任，赔偿损失的具体数额需依据合同订立及履行中的具体行为、证据等综合判断。

4. 善后事宜处理：

   • 对于合同撤销后可能涉及的债权债务关系等善后事宜，双方应协商妥善解决。
   • 如协商不成，可通过诉讼、仲裁等合法途径解决争议。

三、注意事项

1. 保留证据：在处理合同撤销过程中，双方应保留好相关证据，如合同文本、支付凭证、协商记录等，以备后续可能发生的争议。
2. 及时履行：双方应严格按照协商结果或法院判决来履行返还义务和赔偿损失，避免拖延或拒不履行导致法律纠纷升级。
3. 寻求法律帮助：如果双方在处理合同撤销过程中遇到复杂问题或争议无法协商解决，可以寻求专业律师的法律帮助。

综上所述，当法院判决撤销商铺合同时，双方应理解合同撤销的法律后果，通过协商处理相关事宜，并严格履行返还义务和赔偿损失。同时，保留好相关证据并寻求法律帮助是确保双方合法权益得到维护的重要措施。