在合同纠纷中，当合同专用条款和协议书不一致时，如何确定适用的条款是一个关键问题。以下是我对此问题的详细解答：
一、结论前置
在合同专用条款与协议书不一致的情况下，一般应遵循专用条款的优先性原则。但这一原则并非绝对，还需综合考虑合同中的具体约定、合同的整体解释原则以及法律法规的强制性规定。
二、详细分析
专用条款的优先性
- 专用条款是合同双方根据具体项目或交易的实际需求，对通用条款或协议书进行具体化、补充或修改的条款。它更能体现双方的特殊需求和真实意思表示。
- 在实践中，法院通常会优先适用专用条款。这是因为专用条款针对具体事项进行了明确约定，更能反映双方的合意和实际情况。
合同中的具体约定
- 合同中可能包含关于协议书与专用条款冲突时的处理方式。如果合同明确规定专用条款优先，则应严格遵循该约定。
- 如果合同中没有明确约定，但根据合同的整体结构和条款间的逻辑关系，可以推断出专用条款的优先性。
合同的整体解释原则
- 在解释合同条款时，应综合考虑合同的所有相关条款，包括上下文、合同目的、交易习惯等因素。
- 如果专用条款与协议书的冲突无法通过直接约定解决，则应依据合同的整体解释原则进行综合判断。
法律法规的强制性规定
- 专用条款的约定不能违反法律法规的强制性规定。如果专用条款的内容与法律法规相抵触，则该条款可能无效，需依据法律法规或通用条款来处理。
实际案例
- 以广东省佛山市中级人民法院(2014)佛中法民一终字第372号案为例，法院认为建设工程施工合同中，双方协商在专用条款中对部分通用条款进行补充、修订，两者内容不一致的，应适用专用条款中双方约定的内容。
- 类似地，黑龙江省高级人民法院和上海市高级人民法院也在相关案例中确认了专用条款的优先性。
三、特殊情况与例外
- 在某些特定合同类型中，如建设工程施工合同，可能包含多个部分并约定了优先解释顺序。此时，应严格按照合同约定的顺序来解释和执行。
- 如果专用条款的适用会导致显失公平或违背双方的真实意图，可能需要重新审视并调整解释方式。
四、总结与建议
在处理合同专用条款与协议书不一致的问题时，首先应查看合同中是否有明确的冲突解决约定。若无明确约定，则一般应遵循专用条款的优先性原则。然而，这一原则并非一成不变，还需综合考虑合同的整体解释原则、特殊约定以及法律法规的强制性规定。
如果你在实际操作中遇到此类问题，建议仔细审查合同条款，并结合具体情况进行综合判断。如有需要，可以向我咨询，我会根据你的具体情况提供更具针对性的法律建议。