协议上盖合同章是合法且有效的。合同章是企业、单位专门用于对外签订合同的印章，它代表着企业、单位对合同行为的认可，具有证明合同真实性和有效性的法律作用。以下是对这一结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。此处的“盖章”并未限定为公章，因此合同章同样涵盖在内，具备法律效力。

2. 实际效力：

   • 合同章在商业实践中被广泛使用，与公章具有同等的法律效力。只要合同章真实，且合同内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，该合同即被视为有效。
   • 在处理合同纠纷等法律事务时，盖有合同章的协议是具有充分证明力的，能够作为认定合同关系以及明确双方权利和义务的重要证据之一。

3. 特殊情况：

   • 若合同中明确约定协议生效的条件是“加盖公章”，则仅盖合同章可能会影响合同的效力。在此情况下，应按照合同约定补盖公章，以确保合同符合生效条件。
   • 对于某些特定类型的合同，如上市公司重大资产交易合同，法律、行政法规可能明确规定必须加盖公章或履行其他特定手续才能生效。此时，仅盖合同章可能不符合法律要求，需特别注意并遵守相关规定。

综上所述，协议上盖合同章是合法且有效的，但在实际操作中，应确保使用的印章正确无误，并留意合同中关于生效条件的特别约定以及法律、行政法规的特殊要求。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和指导。