结论前置：工作三个月没发工资却让你申报个税是不合法的。

详细分析：

1. 工资发放与个税申报的关系：

   • 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位有义务按时足额支付。
   • 个税申报是基于实际收入进行的，没有实际收到工资却要求申报个税，显然不符合税法规定。

2. 用人单位的责任：

   • 用人单位应当按时支付劳动者工资，这是其基本的法定义务。
   • 如果用人单位未按时支付工资，劳动者有权要求支付，并可以向劳动监察部门投诉。

3. 个税申报的合法性：

   • 个税申报应基于真实的收入情况，没有收入或未收到工资时，不应被要求申报个税。
   • 如果用人单位要求你申报未实际收到的工资作为个税，这可能涉及偷税漏税等违法行为，你应拒绝并向税务部门举报。

4. 你的权益保护：

   • 你可以与用人单位沟通，要求其按时支付工资。
   • 如果沟通无果，你可以向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付工资并承担相应的法律责任。
   • 同时，你也可以咨询税务部门，了解个税申报的相关规定，确保自己的权益不受侵害。

综上所述，工作三个月没发工资却让你申报个税是不合法的。你应该积极维护自己的权益，要求用人单位按时支付工资，并拒绝基于未实际收到的工资进行个税申报。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。