当您发现起诉的公司已经不存在时，这确实是一个较为复杂的法律问题，但不必过于担心，以下是一些具体的处理建议和步骤，希望能帮助您妥善解决这一问题：

1. 确认公司的注销登记及相关手续

• 核查注销情况：首先，您需要对公司的注销登记情况进行严格的确认。查看公司是否已经按照法定程序进行了注销，并核实注销手续是否合法合规。
• 了解清算情况：如果公司依法进行了注销，通常情况下在注销前会进行清算。您需要了解清算过程中是否已处理了所有未了结的诉讼。

2. 追究相关责任人的责任

• 有限责任公司：如果公司未经合法清算即注销，您有权要求有限责任公司的股东对公司债务承担清偿责任。
• 股份有限公司：对于股份有限公司，您可以要求董事、控股股东以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。

3. 查询公司工商档案等资料

• 工商档案查询：通过查询公司的工商档案等资料，您可以了解公司的注销情况、相关责任人的信息以及公司的财务状况等。
• 证据收集：这些资料将为您后续的维权行动提供有力的证据支持，因此请务必妥善保存并整理好相关证据。

4. 向法院申请查询公司财产线索

• 申请查询：为了了解公司的财产情况，您可以向法院申请查询公司的财产线索。这将有助于您在可能的情况下实现债权。
• 提供证据：在申请时，您需要提供充分的证据和理由，以确保法院能够给予支持并批准您的查询申请。

5. 根据具体情况采取相应措施

• 诉讼变更或终结：如果公司已经注销且无法找到相关责任人，您可能需要根据法院的指示，将诉讼请求转移至公司的清算组织或其上级主管部门等。
• 寻求法律援助：在处理过程中，如果您遇到任何法律问题或困难，可以寻求专业的法律援助或咨询律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

总之，当您发现起诉的公司已经不存在时，需要根据具体情况采取相应的措施来维护自身的合法权益。请务必保持冷静和理性，按照法律程序和原则进行处理，以确保诉讼的公正、合法和有效进行。