针对您提出的“欠款起诉公司已经不在了该怎么办”这一问题，以下是我的详细解答：

1. 确认公司注销情况

首先，您需要确认该公司的注销登记等相关手续是否合法合规。公司依法注销是一个需要遵循法定程序的过程，如果注销手续合法合规，那么在注销前通常会进行清算。在清算过程中，未了结的诉讼会由清算组承接，这就保证了相关诉讼的连续性和合法性。

2. 追究相关责任人的责任

然而，如果公司未经合法清算即进行了注销，那么债权人（即您）就面临着一定的风险。此时，您有权要求有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。这是为了保护债权人的合法权益，防止股东等责任人逃避债务责任。

3. 查询公司工商档案等资料

通过查询公司的工商档案等资料是非常重要的一步。这些资料可以帮助您了解公司的注销情况以及相关责任人的信息，为后续的维权行动提供有力的证据支持。

4. 向法院申请查询公司财产线索

只有了解到公司的财产情况，才有可能在可能的情况下实现债权。因此，您可以向法院申请查询公司的财产线索。在申请查询财产线索时，需要提供充分的证据和理由，以确保法院能够给予支持。

5. 采取法律措施维护权益

在处理起诉的公司已不存在的情况时，您必须根据具体情况采取相应的措施。要仔细确认公司的注销手续，追究相关责任人的责任，查询相关资料，申请查询财产线索等，通过这些方式来维护自身的合法权益。

6. 注意事项

• 在整个过程中，请务必保留好所有与欠款和公司注销相关的证据，如借款合同、转账记录、公司注销公告等。
• 如果您对法律程序不熟悉，建议及时咨询专业律师，以确保您的权益得到最大程度的保护。

总之，面对公司已经不在但仍有欠款未还的情况，您需要冷静分析、积极采取措施，通过法律途径来维护自己的合法权益。如果您有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。