认罪认罚案件的适用程序贯穿侦查、审查起诉和审判三个阶段，具体程序如下：
一、侦查阶段
- 权利告知：侦查机关在首次讯问或采取强制措施时，必须告知犯罪嫌疑人享有的诉讼权利和认罪认罚可能导致的法律后果。
- 认罪认罚记录：若犯罪嫌疑人自愿认罪，侦查机关会详细记录并随案移送，同时在起诉意见书中注明相关情况。
二、审查起诉阶段
- 全面告知与听取意见：人民检察院会全面告知犯罪嫌疑人诉讼权利和认罪认罚的法律规定，并充分听取其及辩护人、值班律师、被害人等的意见。
- 具结书签署：在辩护人或值班律师见证下，犯罪嫌疑人自愿认罪并同意量刑建议及程序适用的，会签署认罪认罚具结书。特殊情况下（如盲聋哑人、未成年人等），可不签署具结书，但仍需记录其认罪认罚的情况。
- 提起公诉：人民检察院提起公诉时，会在起诉书中明确被告人认罪认罚情况及量刑建议，并移送具结书等相关材料。
三、审判阶段
- 权利审查与自愿性确认：人民法院会严格审查被告人认罪认罚的自愿性和具结书的真实性、合法性。
- 程序选择：根据案件性质和被告人意愿，人民法院会选择适用的程序进行审理。可能的选择包括：
- 速裁程序：适用于案情简单、证据确凿，且被告人可能判处三年有期徒刑以下刑罚的案件，可大幅缩短审理周期。
- 简易程序：适用于基层人民法院管辖的可能判处一年有期徒刑以下刑罚的案件，或者虽然可能判处更重刑罚但被告人同意适用简易程序的案件。
- 普通程序：若案件不符合速裁程序或简易程序的适用条件，或者被告人选择适用普通程序，则适用普通程序进行审理。
- 量刑处理：人民法院一般应采纳人民检察院的罪名和量刑建议，但在特定情形下（如被告人不构成犯罪、违背意愿认罪等）可不予采纳。若量刑建议明显不当，人民法院可要求人民检察院调整，或直接依法判决。
综上所述，认罪认罚案件的适用程序是一个贯穿侦查、审查起诉和审判三个阶段的完整流程，旨在通过鼓励犯罪嫌疑人、被告人主动认罪悔罪，提高司法效率，实现司法公正。若您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。