集体土地使用证是由县级人民政府核发的。根据《土地管理法》的相关规定，农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。这一流程确保了土地使用的合法性和权益的明确性。如果您需要办理或了解更多关于集体土地使用证的相关信息，建议咨询当地县级人民政府或自然资源主管部门，他们将能提供更具体、更详细的指导和帮助。