营业执照年报通常是由市场监督管理部门负责。具体来说，根据国务院《企业信息公示暂行条例》以及相关法律法规，如《个体工商户年度报告暂行办法》和《农民专业合作社年度报告公示暂行办法》，企业、农民专业合作社以及个体工商户都需要在规定的时间内向市场监督管理部门报送年度报告。

例如，在大理州，所有在2024年12月31日前登记注册的企业、农民专业合作社、个体工商户，都需要在2025年1月1日至6月30日期间，通过指定方式向市场监督管理部门报送2024年的年度报告。同样，在上海市，也是按照《企业信息公示暂行条例》的规定，相关市场主体需要在规定时间内报送并公示年度报告。

此外，年报的报送方式可能因地区而异，但通常包括线上和线下两种方式。线上方式可能是通过国家企业信用信息公示系统或地方市场监管部门的网站进行填报，而线下方式则可能是直接向经营场所所在地的市场监督管理部门报送纸质年度报告。

总之，无论是哪个地区，营业执照年报的报送主体都是市场监督管理部门，相关市场主体需要按照法律法规的要求，及时、准确地报送年度报告，以避免被列入经营异常名录或受到行政处罚。