营业执照年检主要由工商行政管理部门（现为市场监督管理局）负责。具体来讲，无论是公司还是非公司企业，都需要按照规定的年检时间和程序，向当地的工商行政管理部门（市场监督管理局）提交年检材料，接受其审查。

以深圳市为例，深圳市市场监督管理局就负责商事主体的年度报告工作，商事主体需要通过国家企业信用信息公示系统报送并公示年度报告。年报内容包括企业的基本信息、经营情况、股权结构、网站及网店信息等。商事主体对其公示信息的真实性负责，并需要及时更正不准确的信息。

此外，从更广泛的角度来看，根据《国务院关于修改〈中华人民共和国公司登记管理条例〉的决定》，公司年度检验的时间通常为每年的3月1日至6月30日，而非公司企业的年检时间也与此相适应。在年检过程中，企业需要提交一系列材料，包括年检报告书、营业执照副本、相关许可证件和批准文件的复印件等。工商行政管理部门会对这些材料进行审查，以确认企业的合法经营情况和合规性。

因此，如果你的企业需要办理营业执照年检，建议咨询当地的工商行政管理部门（市场监督管理局）或访问其官方网站，以获取具体的年检要求和流程指导。