遇到危害食品安全犯罪行为时，应当遵循一系列严格的法律程序进行处理。以下是对此类案件处理流程的详细解析：

一、案件发现与报告

首先，食品安全监督管理部门通过多种途径，如日常监管、投诉举报和检验检测等，发现潜在的食品安全违法行为。一旦发现这类行为，相关部门会立即展开初步调查，并在确认违法行为后，及时向上级部门及公安机关报告。

二、初步调查与证据收集

在立案前，食品安全监督管理部门会对违法行为进行详细的初步调查。这一步骤包括收集现场检查记录、询问笔录、相关照片等证据，以确保调查程序的合法性和公正性，同时保护当事人的合法权益不受侵犯。

三、刑事立案与侦查

如果违法行为涉嫌犯罪，如生产、销售不符合安全标准的食品或生产、销售有毒、有害食品等，公安机关将介入进行立案侦查。在立案过程中，公安机关会仔细审查案件材料，确认有犯罪事实需要追究刑事责任后，正式立案并展开全面侦查。

侦查阶段，公安机关将采取多种措施收集证据，包括物证、书证、证人证言、犯罪嫌疑人供述和辩解、鉴定意见等。同时，根据案件情况，公安机关还可能采取拘传、取保候审、监视居住、拘留、逮捕等强制措施，以确保案件的顺利侦办。

四、审查起诉

公安机关侦查终结后，会将案件移送同级人民检察院进行审查起诉。检察院会对案件的合法性、真实性、关联性进行全面审查，核实犯罪事实和罪名认定。如果检察院认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，将依法提起公诉；如果认为犯罪情节轻微或不符合起诉条件，将作出不起诉决定。

五、审判与执行

案件进入审判阶段后，法院将受理并进行庭前准备工作。随后，案件会公开开庭审理，控辩双方围绕案件事实和证据展开举证、质证和辩论。法院根据查明的事实和法律规定，最终作出判决。

判决生效后，对于被判处刑罚的犯罪分子，将依法执行刑罚，如监狱执行有期徒刑等。同时，对于违反食品安全法规但尚不构成犯罪的行为，食品安全监督管理部门将给予相应的行政处罚。

六、民事赔偿与后续处理

在案件处理过程中，如果消费者因食用问题食品遭受损害，可以依法提起民事诉讼，要求犯罪嫌疑人或违法者承担相应的民事赔偿责任。此外，因食品安全犯罪被判处有期徒刑以上刑罚的，将终身不得从事食品生产经营管理工作，也不得担任食品生产经营企业的食品安全管理人员。违反此规定的，将由食品药品监督管理部门吊销许可证。

案件处理完毕后，相关部门还会对案件进行归档，并总结经验教训，以提高未来食品安全监管的效率和效果。

综上所述，处理危害食品安全犯罪行为是一个严谨而复杂的法律过程，需要各部门密切协作，共同维护食品安全和社会公共利益。在处理过程中，必须严格遵守法律法规，确保案件的公正、公平处理。