车辆查封期间交警扣车是否合法，需根据具体情况分析。
一般情况下不合法：
- 查封车辆通常因车主涉及经济纠纷而被法院采取的一种保全措施，旨在限制车辆的买卖、抵押等行为，但并不影响车辆的正常使用及年检。被查封的车辆在法律上仍可上路行驶，只要不进行过户等受限操作。
- 交警作为交通管理执法部门，其主要职责是维护道路交通秩序，保障道路交通安全，并处理交通事故。交警扣车通常基于车辆存在交通违法违规行为或其他执法需求，而非车辆被查封的状态。
- 因此，在车辆仅因经济纠纷被法院查封，且未涉及交通违法违规行为或其他执法需求的情况下，交警扣车是不合法的。
特殊情况下可能合法：
- 若查封车辆与交警正在处理的交通事故案件或其他交通违法犯罪案件存在密切关联，且对案件调查、处理具有重要意义，交警在与相关司法机关沟通协调后，可根据具体情况决定是否扣押。
- 例如，查封车涉嫌肇事逃逸，为调查事故真相、收集证据，交警可能会在与法院沟通并履行必要手续后扣押车辆。
综上所述，车辆查封期间交警扣车的合法性需根据具体情况判断。在一般情况下，交警不会因车辆被查封而直接扣车；但在特殊情况下，如车辆与交通事故或违法犯罪案件有关，且经与司法机关沟通协调后，交警有权采取扣押措施。若您对此类问题存在疑虑或遇到相关情况，可直接向我咨询，我会为您提供更具体的法律分析和建议。