车辆查封期已过申请执行人强行扣车是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

一. 车辆查封期限与解除查封

1. 查封期限：根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第五条，人民法院对被执行人动产的查封期限不得超过一年。车辆作为动产的一种，其查封期限同样适用这一规定。查封期限届满后，若未办理续封手续，查封效力将自动消灭。

2. 自动解封：查封期限届满且未续封的情况下，车辆将自动解封，车辆所有人有权依法取回其车辆并恢复对车辆的正常使用和管理。

二. 强行扣车的违法性

1. 缺乏法定程序：申请执行人强行扣车，未经法定程序（如法院裁定、协助执行通知书等），是对司法程序的直接违反。

2. 侵犯财产权：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体的财产权利受法律保护，任何组织或个人不得侵犯。申请执行人强行扣车，侵犯了车辆所有人的财产权。

三. 合法途径

1. 申请续封：若申请执行人希望继续查封车辆以保全债权，应在查封期限届满前向法院提出申请，并经过法院批准办理续封手续。

2. 依法执行：在查封期限内或续封后，申请执行人应依法通过法院执行程序对车辆进行处理，如评估、拍卖等，以实现其债权。

综上所述，车辆查封期已过申请执行人强行扣车是不合法的行为。我建议申请执行人应依法行事，通过合法途径维护自身权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。