您好，关于您提出的“爸爸有案底，小孩在妈妈户口本上是否会对当兵有影响”的问题，我根据您提供的信息以及我国的相关法律规定，为您做出以下详细解答：

首先，需要明确的是，根据我国《征兵政治审查工作规定》，家庭主要成员、直接抚养人如果有被刑事处罚的记录，是会影响孩子当兵时的政治审核的。这意味着，如果孩子的父亲有案底，那么孩子在申请参军时，其政治审核可能会因此而不予通过。

其次，您提到孩子是在妈妈的户口本上，这一点并不会改变父亲案底对孩子当兵的影响。因为政审时，会综合考虑申请人的家庭背景，包括父母的情况，而不仅仅是看申请人本人的户口所在。所以，即使孩子在妈妈的户口本上，父亲的案底仍然可能对孩子当兵产生不利影响。

再者，这种影响不仅仅局限于孩子本人。根据相关规定，父亲的案底甚至可能影响三代人。这是因为政审时，会审查申请人的直系亲属以及部分旁系亲属的情况，以确保申请人的家庭背景符合军队的政治要求。

综上所述，如果孩子的父亲有案底，那么孩子在申请参军时，其政治审核可能会因此而不予通过。这一点与孩子是否在妈妈的户口本上无关。因此，如果您有这方面的担忧，建议提前了解相关政策和规定，以便做出更合理的规划和选择。