水利工程验收的主持单位主要根据工程的具体性质和级别来确定。一般来说，大中型水库工程的竣工验收主持单位为各级水行政主管部门，具体依据《水利工程建设项目验收管理规定》的相关规定执行。而对于小型水库工程，其竣工验收主持单位则由省级水行政主管部门确定，这一规定可以在《小型水库工程建设项目管理暂行办法》中找到依据。

综上所述，水利工程验收的主持单位主要是各级水行政主管部门，但具体级别和职责可能因工程性质和级别的不同而有所差异。如果您有具体的工程案例或需要更详细的解答，请随时向我咨询，我将根据您的具体情况提供更专业的法律意见。