检察院不起诉的结案流程主要涉及以下几个关键步骤，确保司法公正和当事人的合法权益：

首先，制作不起诉决定书是结案流程的第一步。在这份决定书中，检察院会明确阐述不起诉的具体理由和法律依据，确保决定的透明性和公正性。

接着，送达不起诉决定书给相关方是第二步。这包括被不起诉人及其所在单位（如有）、被害人或者其近亲属及其诉讼代理人。对于被不起诉人，如果其在押，应当立即释放，确保其人身自由得到及时恢复。

对于被害人，检察院会特别告知其如果不服不起诉决定，可以在收到决定书后七日以内向上一级人民检察院提出申诉，请求提起公诉。这一步骤保障了被害人的申诉权利，确保了司法程序的公正性。

同时，抄送相关材料也是结案流程中的重要环节。检察院会将不起诉决定书副本以及相关材料抄送公安机关，确保案件的全面记录和后续可能的查询。

最后，归档保管是结案流程的收尾工作。检察院会对案件进行归档保管，留存相关证据和材料，以备后续查询和审查。这一步骤确保了案件资料的完整性和可追溯性。

值得注意的是，检察院作出不起诉决定后，案件的处理方式可能会根据不同的情形而有所差异。例如，对于法定不起诉的情形，案件即告终结；对于酌定不起诉，可能会有一些后续处理，如对被不起诉人进行训诫、责令具结悔过等；对于证据不足不起诉的案件，则是在经过补充侦查后仍然认为证据不足而作出不起诉决定。

综上所述，检察院不起诉的结案流程是一个严谨、细致且全面的过程，旨在确保司法公正、维护当事人的合法权益，并保障案件资料的完整性和可追溯性。