针对您提出的问题“爸爸妈妈不在一个户口本上孩子能跟随母亲的少数民族吗”，首先我们需要明确的是，这个问题主要涉及到的是孩子的民族归属问题，而非姓氏问题。虽然您提供的参考信息主要围绕姓氏的选择，但我们可以从中得到一些相关的法律原则和精神。

在中国，孩子的民族通常是根据父母的民族来确定的。如果父母双方属于不同的民族，那么孩子的民族一般根据父母的共同意愿来确定，且这种选择通常需要在孩子未成年时进行，并需要得到相关部门的确认。

对于您提到的“爸爸妈妈不在一个户口本上”的情况，这并不直接影响孩子能否跟随母亲的少数民族。户口本是记录户籍人口基本信息的法律文书，它主要反映的是户籍关系，而不是民族关系。因此，即使父母双方不在同一个户口本上，孩子仍然有权根据父母的民族和共同意愿来确定自己的民族。

综上所述，孩子能否跟随母亲的少数民族，主要取决于父母的共同意愿和民族政策的相关规定，而与父母是否在同一个户口本上无直接关系。如果您有具体的操作需求或疑问，建议咨询当地的民族宗教事务部门或户籍管理部门，以获取更详细和准确的指导。