结论前置：电动车上机动车牌违章，会扣C1驾驶证的分。

详细分析：

电动车若上了机动车牌，即表明该电动车被认定为机动车。在道路上行驶时，若该电动车发生违章行为，将按照机动车的道路安全违法行为记分制度进行处理。这意味着，如果驾驶人持有C1驾驶证，并驾驶这样的电动车违章，其C1驾驶证的分数将会根据违章行为的性质被相应扣除。

例如，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶未悬挂机动车号牌或者故意遮挡、污损机动车号牌的机动车上道路行驶的，一次记9分。若电动车上了机动车牌后存在此类违章行为，同样会扣除C1驾驶证的9分。

建议：

1. 了解车辆性质：驾驶电动车前，应确保了解车辆是否属于机动车范畴，以及是否需要上机动车牌。
2. 遵守交通法规：无论驾驶何种类型的车辆，都应严格遵守交通法规，确保行车安全，避免违章行为。
3. 关注记分情况：持有C1驾驶证的驾驶人应定期查询自己的记分情况，以便及时采取措施避免记分累积达到12分，从而避免驾驶证被扣留或注销等后果。

综上所述，电动车上机动车牌违章会扣C1驾驶证的分。因此，驾驶人在驾驶电动车时，应特别注意遵守交通法规，确保行车安全合法。