父亲将商品房过户给儿子，主要可以通过三种方式来实现：买卖、赠与和继承。下面我将为您详细解释这三种方式的具体操作流程及相关注意事项。

一、买卖方式过户

1. 签署合同：父亲与儿子需要签署一份房屋买卖协议，明确房屋的价格、付款方式、交付时间等条款。
2. 支付款项：儿子按照协议约定的金额支付购房款给父亲。
3. 办理过户：双方携带买卖合同、身份证、房产证等相关材料，前往房产管理部门办理过户手续。
4. 缴纳税费：根据当地政策，买卖双方需要缴纳相应的税费，如契税、个人所得税等。

二、赠与方式过户

1. 签署赠与合同：父亲与儿子签订房屋赠与合同，明确赠与的意愿和条件。
2. 办理公证：赠与合同通常需要办理公证手续，以增强其法律效力。
3. 缴纳税费：赠与过户需要缴纳契税、公证费等，但一般无需缴纳营业税。
4. 办理过户：携带赠与合同、公证书、身份证、房产证等材料，前往房产管理部门办理过户登记。

三、继承方式过户

1. 父亲去世：这一方式的前提是父亲已经去世，且儿子是法定继承人。
2. 办理继承公证：儿子需要前往公证机构办理继承公证，或者通过诉讼来确认继承权。
3. 缴纳税费：继承过户通常只需缴纳少量的公证费，无需缴纳契税、营业税等。
4. 办理过户：携带继承公证书、身份证、房产证等材料，前往房产管理部门办理过户登记。

注意事项

1. 税费差异：不同的过户方式所涉及的税费不同，家庭应根据自身经济情况和政策规定选择合适的方式。
2. 法律效力：无论选择哪种方式，都需要确保所有法律文件的合法性和有效性，避免出现法律纠纷。
3. 家庭协商：如果父亲有多个子女，过户房产时可能需要与其他子女进行协商，以避免家庭矛盾。
4. 政策变动：房产过户政策可能因地区和时间的不同而有所变动，建议在办理前咨询当地房产管理部门或专业律师以获取最新信息。

综上所述，父亲将商品房过户给儿子可以通过买卖、赠与或继承三种方式实现，每种方式都有其特定的操作流程和注意事项。家庭应根据自身实际情况和政策规定选择合适的方式，并确保所有法律文件的合法性和有效性。